Su arıtımı uygulamalarının atık giderme süreçlerinde MgO önemli roller oynamaktadır. Uzaklaştırılmış partiküllerin, organik maddelerin ve ağır metallerin toplanmasına ve çökelmesine yardımcı olarak pıhtılaştırıcı ve topaklayıcı rolü üstlenir.
Magnezyum oksit katkısı ile daha büyük topakların oluşumu desteklenerek istenmeyen partiküllerin çökeltme veya süzme sırasında sudan ayrılmaları kolaylaştırılır.
Bu uygulama ile endüstriyel, belediye veya tarımsal atık su akışlarında bulunan yağ, gres ve çeşitli kirleticilerin giderilmesi sağlanır.
Ek olarak magnezyum oksidin alkali özellikleri, arıtılmış sudaki konsantrasyonunu azaltarak fosforun çökelmesini sağlar, bu şekilde daha temiz ve daha güvenli su tahliyesine olanak sunar.